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小阿仁川の上流域に位置することから「上」が付され、川名「小阿仁」と組み合わさった地名。
上士幌町は、士幌の上流に位置することから「上士幌」と名付けられました。もとの「士幌」はアイヌ語由来とされ、広大な土地や急流を表す説があります。