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「京都」は「首都・みやこ」を意味する漢語に由来し、794年の平安京遷都以来の地名である。「府」は明治政府が東京・大阪・京都の三大都市にのみ与えた特別な行政区分で、政治・文化の中心として他の県と区別された。
「東京」の名は1868年（明治元年）の明治天皇の詔によって「江戸」を改称したもので、「東の京（みやこ）」を意味する。京都に対する東の都として命名され、日本の首都となった。