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秋田県北部に位置することから名付けられた比較的新しい合成地名である。
大仙市は大曲市の「大」と仙北郡の「仙」を組み合わせた合併時の新名称に由来する。
「由利」と旧「本荘」の合成地名で、由利は百合や砂丘地形に由来し、本荘は荘園に由来する。